Martlet es la segundo personaje mas relevante de Undertale Yellow, El jefe final de Snowdin, la segunda área principal del juego, que es el tercer personaje mas importantede la Ruta Neutral, Co-protagonista de la Ruta Pacifista, y la jefa final/antagonista principal de la Ruta Genocida. Es una recluta de la Guardia Real.
Starlo, también conocido como North Star, es un personaje importante en Undertale Yellow, Es el líder de los Feisty Five, un grupo que mantiene el orden en Wild East. Starlo es un monstruo humanoide de piel amarilla, cuya cabeza tiene protuberancias azul verdosas que le dan una apariencia estrella.
Ceroba Ketsukane es la antagonista principal (junto con Flowey) en Undertale Yellow. Es la viuda de Chujin y la madre de Kanako. Su principal objetivo es tomar el ALMA de Clover para salvar el subsuelo y lograr el legado de Chujin, y es el jefe final de la ruta Pacifista Verdadera, y penúltimo jefe de la "Flawed Pacificst route".Durante la ruta Genocida, sustituye a Starlo como jefe del Salvaje Este después de que Clover mate a este último en un duelo.
Clover es el personaje jugable y protagonista principal de Undertale Yellow. Es el séptimo humano que cae en el Subterráneo y la sexta ALMA en ser tomada por Asgore Dreemurr en los finales Pacifistas. Embarcándose en una búsqueda para localizar a los cinco humanos anteriores que subieron al Monte Ebott y nunca se les volvió a ver
Flowey es el principal antagonista de Undertale que reaparece en Undertale Yellow. Es el uno de los antagonistas en las Rutas Neutral y Genocida, y un personaje secundario en la Ruta Pacifista, que aparece en varios momentos para comentar los últimos acontecimientos y guardar la partida. También repite su papel como jefe final de la Ruta Neutral. Aunque es el personaje mas importante (Sin contar al protagonista), también es el antagonista principal (junto con Ceroba) de la historia del juego.